Asegurarse que los programas necesarios se encuenten instalados. En Debian hacer:
$ sudo apt-get install -Vy poppler-utils ghostscript
Para verificar que el archivo tenga fuentes no embebidas utilizar pdffonts:
$ pdffonts input.pdf
name type encoding emb sub uni object ID
------------------------------------ ----------------- ---------------- --- --- --- ---------
Helvetica Type 1 WinAnsi no no no 2 0
Para embeber las fuentes utilizar gs:
gs \
-sFONTPATH=/path/to/fonts:/another/dir/with/more/fonts \
-o output.pdf \
-sDEVICE=pdfwrite \
-dPDFSETTINGS=/prepress \
input.pdf
Nota: si no se encuentran las fuentes utilizadas por el pdf en los directorios
listados en FONTPATH, gs utilizará una fuente substituta.
Agregar las fuentes puede ser una solución al problema de que un pdf no se visualice correctamente en lector de libros como los Kindle E-ink.