Para manejar las contraseñas se puede utilizar keepassxc, recomendado por la Electronic Frontier Foundation y disponible en Debian:
$ sudo apt-get install -V keepassxc
Como alternativa se puede ver el programa pass - the standard unix password manager, también disponible en Debian y que sigue más de cerca la filosofía unix, utilizando varios programas ya disponibles:
$ sudo apt-get install -V pass